Gene Details:
- Gene ID: AT3G20010
- Gene Symbol: CHR27, FRG1
- Gene Name: chromatin remodeling 27, SNF2-RING-HELICASE LIKE 1
- Description: SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein / zinc finger protein-like protein;(source:Araport11)
- TAIR Accession:
- Genome: Araport11_genome_release
- Species: Arabidopsis thaliana
Transcripts:
Plant Ontology Annotations:
- PO:0000084 — plant sperm cell — célula espermática o esperma (Spanish, exact), male gamete (exact), microgamete (exact), 植物精子細胞 (Japanese, exact), sperm nucleus (related), sperm cell (broad)
Germplasm Phenotype:
- CS69979 — Reduction in RNA-directed DNA methylation (RdDM).
- CS69980 — Reduction in RNA-directed DNA methylation (RdDM).
- CS69981 — Reduction in RNA-directed DNA methylation (RdDM).
Function-related keywords:
Literature:
- Evaluation and classification of RING-finger domains encoded by the Arabidopsis genome. DOI: 10.1186/gb-2002-3-4-research0016 ; PMID: 11983057
- Isolation, sequence analysis, and expression studies of florally expressed cDNAs in Arabidopsis. DOI: 10.1023/B:PLAN.0000019063.18097.62 ; PMID: 15010618
- A transcriptome-based characterization of habituation in plant tissue culture. DOI: 10.1104/pp.105.076059 ; PMID: 16489130
- SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation. DOI: 10.1073/pnas.1420515111 ; PMID: 25425661
- SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis. DOI: 10.1038/cr.2014.156 ; PMID: 25420628
- Repertoire of plant RING E3 ubiquitin ligases revisited: New groups counting gene families and single genes. DOI: 10.1371/journal.pone.0203442 ; PMID: 30169501
Sequence:
cDNA Sequence
- >AT3G20010.8 ATGGATTCTGCTATTGAAATTAGTTCAGGTAGTGATAGTGATGACGAAGTACCACCGCAGCCTGTTTGGCCACAAACTCGAACCAGGATGGATCCCACATGGCTAAGCAGGAGACCTTTGCCTACAGTGGATAGCCATGCTAGAGCTGAACATACAAATCAGGCTCCTCCCAATGGTGCCTCGAGTGATACTTCTCGGCCTGGAGTCTCTAAGCCTTTCACAGGGAATGGGAACACTGTAAACTCGAGAATTTCCAGTGGATCTGGTGCTGATTATGTGAGACTGTCTTCTGAGCAAGCTCTGAAAAGAACTCTTCCACCCTCTTTTAATTCCCCTCCCCTTCCTGCCAGAAGTGGCACTAACAATATAAGTAATGCTAGTGGAAGTCGTGTTGGTGTGGATTATGAGAGACCATTGTCTCAGCAAGCTCTGAAAAGAACTCTTCCACCCTCTTTTAATCCCCCTCCCCTTCCTTCCAGAAGTGGCACAAACAATATACGTAATGCTGGTGGGAGTCGCTTTGGTGCCGATTATAGTCATCCAGCTGTGTCAGCTGTAGGCAACAAGAGTACCTTTGGTGATCATTATAGTGGAGCCCATGCTGAGATAGGAATTCAACGTGGCGTGAATGGGGTTAGGATCCTGCCTCCATCTCTGACGCATGGAACATCTGCTTCTGTTTTGCATCATGCTGGTTCGAGTGATCCAATGCACAGGTTTGGTGGTGGTGAAGATAGGAATCCTGATAACGATGAAAGGCTGGTTTATCAGGCTGCACTACAGGTTTTGAATCAACCCATGACTGAAAGTGATCTACCTCCTGGTACTCTTTCAGTTCCTCTTATGAGGCATCAGAAAATTGCGTTGGCATGGATGTTTCAGAAGGAAACAAGTAGTTTCAACTGTCCAGGAGGGATACTAGCAGATGATCAGGGACTTGGTAAGACGGTCTCGACGATTGCTCTTATCCTAAAGCAAAAGATTGTGTCACAACTGAAGTCCGAAAGTTCATGCAAGCAAGAAACTGAGGCATTAGTCCTGGATGCTGATGATGAGTCAGACAATGCAAAGCATGAAAGTGGTAGTCATGTAAAACCAGAGCTCAAGGTTTCAAGCAACAGTGAGACCTCGGTTCTGAGTGCATGTGGTAATGATGAGAATGACAGTTCAGATATGGAGAAAGCCGAAGATGAAGAAGCTAATTCTTCAACACGAGCATTTCAGTGGAAGAGACCAGCTGCTGGTACATTAATTGTTTGCCCAGCGAGTGTTGTAAGGCAGTGGGCAAGAGAGCTTGATGAGAAGGTTTCTGAAGAATCCAAACTTTCTGTGTTAGTCTACCATGGTAGTAATAGGACCAAAGATCCTAATGAATTAGCAGAATACGATGTGGTTGTGACAACGTACGCTATTGTTACTAATGAAGCTCCCAACAAATTCTTGGTGGATGAGGATGAGAACGATGAAAAAAATACTGACAGATATGGTCTTGCCTCTGGCTTCTCCAACAATAAGAAACGGAAAGTCGTGGTGGGTGCTAGTAAGAAGAGTAAAAGAAGAGGTAGAAAAAGCACTAACGATACTTCTTCTGAGCCTGATTGTGGTCCTCTAGGAAAGGTTGGGTGGTTCAGAATAGTACTAGATGAAGCTCAGACAATTAAGAACTATAGAACACAAATGGCAAGATCATGTTGCACTCTTCGAGCCAAAAGGAGGTGGTGCTTGTCTGGAACACCAATACAAAATACGATTGATGATTTATATAGCTATTTCAGGTTTCTTAGATATGATCCATATGCGGTGTACAAGTCATTTTACAGTACAATCAAGGTTCCAATTTCCAGAAATTCTTGTCAAGGTTACAAGAAGCTTCAAGCTGTTCTAAGGGCTATAATGCTGCGCCGCACCAAAGGAACATTGCTTGATGGGAAACCCATAATTAATCTACCTCCAAAGGTAGTAAATTTGAGCCAGGTAGACTTTTCAGTGGCTGAGCGCTCTTTCTACAAGAAGCTTGAAGCTGATTCACGTTCACAGTTCAAGGCCTATGCTGATGCGGGAACTTTGAGTCAAAACTACGCAAATATTCTTCTGTTGCTTTTGCGACTACGCCAAGCTTGTGACCACCCACAACTTGTTAAAAGATATAACTCAGATCCTGTTGGAAAAGTATCAGAAGCAGCAGTTAGAAGACTCCCTAGGGAGGCTCGAAGCAGACTGATCAATCGCTTAGAGTCATCATCTGCCATCTGCTATGAGTGCAATGAGCCACCAGAAAAACCTGTTGTTACGTTGTGTGGCCATATATTTTGCTATGAATGTGTTTTAGAATACATAACTGGGGATGAGAACACGTGCCCTGTACCGAGATGCAAACAACAGCTTGCGCGTGATGTTGTTTTCTCTGAATCTTCTCTTAGAAATTGCACTTCTGATGATTCGGGCTGTAGTTCCTCTCATGATAATGGTCTTGATAGATCGGTATTTCAAAAAAGAGACTTTTGTTCATCAAAAATTAAAGCTGTCCTCGATATCCTGCAGTCGCTTTCCCAACCAGACAGTCCAAACTCAGCTCAGCATGGTCAAATGCCATCTTCCTCACGGCCATATGATGACGATGATGTTACCATTGTAGAGCCAATGCGTCTTCACTCATCTTCACCTAGCCAGGGGGCAGTAAAGACGATAATATTTTCTCAGTGGACTGGTATGCTTGACTTGGTTGAGCTGCGTATTCTTGAAAGTGGTATTGAATTCAGAAGATTAGATGGCACAATGAGTCTAGCAGCAAGAGACAGGGCGGTTAAAGAATTCAGTAAAAAACCAGATGTAAGTGATGTAAATATCTTAGATATGTTTTCTAAAACAATATACTAATCGTTTCTCTGAAATATGGAATGTTCATGGAGTATTGATCCTGAAGCTCTCTAAAAGCGCAAAAAAAATTTTATTAGGTAAAGGTGATGCTGATGTCGCTAAAAGCTGGAAACCTTGGGCTGAATATGGTAGCTGCATGTCATGTTATTCTCTTGGATCTTTGGTGGAATCCAACTACCGAAGATCAGGCGATTGATCGTGCACATCGTATTGGACAAACTCGGCCAGTTACTGTAACTCGCATAACTATAAAAGACACCGTTGAGGATAGAATTTTGAAGCTTCAGGTATTCTCTAAACTCTATCTGCTCATTGTCGCTGGGTTTTGG
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CDS Sequence
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- >AT3G20010.7 ATGGATTCTGCTATTGAAATTAGTTCAGGTAGTGATAGTGATGACGAAGTACCACCGCAGCCTGTTTGGCCACAAACTCGAACCAGGATGGATCCCACATGGCTAAGCAGGAGACCTTTGCCTACAGTGGATAGCCATGCTAGAGCTGAACATACAAATCAGGCTCCTCCCAATGGTGCCTCGAGTGATACTTCTCGGCCTGGAGTCTCTAAGCCTTTCACAGGGAATGGGAACACTGTAAACTCGAGAATTTCCAGTGGATCTGGTGCTGATTATGTGAGACTGTCTTCTGAGCAAGCTCTGAAAAGAACTCTTCCACCCTCTTTTAATTCCCCTCCCCTTCCTGCCAGAAGTGGCACTAACAATATAAGTAATGCTAGTGGAAGTCGTGTTGGTGTGGATTATGAGAGACCATTGTCTCAGCAAGCTCTGAAAAGAACTCTTCCACCCTCTTTTAATCCCCCTCCCCTTCCTTCCAGAAGTGGCACAAACAATATACGTAATGCTGGTGGGAGTCGCTTTGGTGCCGATTATAGTCATCCAGCTGTGTCAGCTGTAGGCAACAAGAGTACCTTTGGTGATCATTATAGTGGAGCCCATGCTGAGATAGGAATTCAACGTGGCGTGAATGGGGTTAGGATCCTGCCTCCATCTCTGACGCATGGAACATCTGCTTCTGTTTTGCATCATGCTGGTTCGAGTGATCCAATGCACAGGTTTGGTGGTGGTGAAGATAGGAATCCTGATAACGATGAAAGGCTGGTTTATCAGGCTGCACTACAGGTTTTGAATCAACCCATGACTGAAAGTGATCTACCTCCTGGTACTCTTTCAGTTCCTCTTATGAGGCATCAGAAAATTGCGTTGGCATGGATGTTTCAGAAGGAAACAAGTAGTTTCAACTGTCCAGGAGGGATACTAGCAGATGATCAGGGACTTGGTAAGACGGTCTCGACGATTGCTCTTATCCTAAAGCAAAAGATTGTGTCACAACTGAAGTCCGAAAGTTCATGCAAGCAAGAAACTGAGGCATTAGTCCTGGATGCTGATGATGAGTCAGACAATGCAAAGCATGAAAGTGGTAGTCATGTAAAACCAGAGCTCAAGGTTTCAAGCAACAGTGAGACCTCGGTTCTGAGTGCATGTGGTAATGATGAGAATGACAGTTCAGATATGGAGAAAGCCGAAGATGAAGAAGCTAATTCTTCAACACGAGCATTTCAGTGGAAGAGACCAGCTGCTGGTACATTAATTGTTTGCCCAGCGAGTGTTGTAAGGCAGTGGGCAAGAGAGCTTGATGAGAAGGTTTCTGAAGAATCCAAACTTTCTGTGTTAGTCTACCATGGTAGTAATAGGACCAAAGATCCTAATGAATTAGCAGAATACGATGTGGTTGTGACAACGTACGCTATTGTTACTAATGAAGCTCCCAACAAATTCTTGGTGGATGAGGATGAGAACGATGAAAAAAATACTGACAGATATGGTCTTGCCTCTGGCTTCTCCAACAATAAGAAACGGAAAGTCGTGGTGGGTGCTAGTAAGAAGAGTAAAAGAAGAGGTAGAAAAAGCACTAACGATACTTCTTCTGAGCCTGATTGTGGTCCTCTAGGAAAGGTTGGGTGGTTCAGAATAGTACTAGATGAAGCTCAGACAATTAAGAACTATAGAACACAAATGGCAAGATCATGTTGCACTCTTCGAGCCAAAAGGAGGTGGTGCTTGTCTGGAACACCAATACAAAATACGATTGATGATTTATATAGCTATTTCAGGTTTCTTAGATATGATCCATATGCGGTGTACAAGTCATTTTACAGTACAATCAAGGTTCCAATTTCCAGAAATTCTTGTCAAGGTTACAAGAAGCTTCAAGCTGTTCTAAGGGCTATAATGCTGCGCCGCACCAAAGGAACATTGCTTGATGGGAAACCCATAATTAATCTACCTCCAAAGGTAGTAAATTTGAGCCAGGTAGACTTTTCAGTGGCTGAGCGCTCTTTCTACAAGAAGCTTGAAGCTGATTCACGTTCACAGTTCAAGGCCTATGCTGATGCGGGAACTTTGAGTCAAAACTACGCAAATATTCTTCTGTTGCTTTTGCGACTACGCCAAGCTTGTGACCACCCACAACTTGTTAAAAGATATAACTCAGATCCTGTTGGAAAAGTATCAGAAGCAGCAGTTAGAAGACTCCCTAGGGAGGCTCGAAGCAGACTGATCAATCGCTTAGAGTCATCATCTGCCATCTGCTATGAGTGCAATGAGCCACCAGAAAAACCTGTTGTTACGTTGTGTGGCCATATATTTTGCTATGAATGTGTTTTAGAATACATAACTGGGGATGAGAACACGTGCCCTGTACCGAGATGCAAACAACAGCTTGCGCGTGATGTTGTTTTCTCTGAATCTTCTCTTAGAAATTGCACTTCTGATGATTCGGGCTGTAGTTCCTCTCATGATAATGGTCTTGATAGATCGGTATTTCAAAAAAGAGACTTTTGTTCATCAAAAATTAAAGCTGTCCTCGATATCCTGCAGTCGCTTTCCCAACCAGACAGTCCAAACTCAGCTCAGCATGGTCAAATGCCATCTTCCTCACGGCCATATGATGACGATGATGTTACCATTGTAGAGCCAATGCGTCTTCACTCATCTTCACCTAGCCAGGGGGCAGTAAAGACGATAATATTTTCTCAGTGGACTGGTATGCTTGACTTGGTTGAGCTGCGTATTCTTGAAAGTGGTATTGAATTCAGAAGATTAGATGGCACAATGAGTCTAGCAGCAAGAGACAGGGCGGTTAAAGAATTCAGTAAAAAACCAGATGTAAGTGATGTAAATATCTTAGATATGTTTTCTAAAACAATATACTAA
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Protein Sequence
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